Nos finais da década de 50 e na sequência do processo de Independência em curso em quase todas as colónias europeias em África, também em Portugal surgiu entre os responsáveis pelas Forças Armadas (F.A.) a ideia de preparar tropas, dotadas de treino e de conhecimentos capazes de fazer frente a um eventual surto de subversão que pudesse vir a acontecer nos nossos territórios ultramarinos. 


De entre algumas iniciativas conhecidas, há a registar o envio à Argélia de um grupo de Oficiais, a fim de tomarem contacto directo com as tropas especiais Francesas ali estacionadas e ainda um ciclo de palestras sobre a guerra subversiva e contra subversão conduzidas por alguns Oficiais Franceses, que para o efeito se deslocaram a Portugal.
De entre algumas iniciativas conhecidas, há a registar o envio à Argélia de um grupo de Oficiais, a fim de tomarem contacto directo com as tropas especiais Francesas ali estacionadas e ainda um ciclo de palestras sobre a guerra subversiva e contra subversão conduzidas por alguns Oficiais Franceses, que para o efeito se deslocaram a Portugal.
Como resultante directa destas iniciativas e do espírito subjacente a que elas conduziram, está a criação do C.I.O.E. (Centro de Instrução de Operações Especiais) em Lamego, responsável pela formação de Companhias,

Em 1961 o General Venâncio Deslandes decidiu criar o Centro de Instrução N.º 21, destinado à preparação de grupos especiais, especialmente vocacionados para a luta antiguerrilha.

O C.I. 21 ficou instalado em Zemba, Sector F da Zona de Intervenção Norte, tendo sido nomeado seu Comandante o então Capitão de Infantaria Jasmins de Freitas, coadjuvado por Cesare Dante Vachi. A equipa de instrução era constituída pêlos então Capitães Ramalho e Marquilhas, Tenente Caçorino Dias, os Alferes Vasco Ramires, Raúl Folques, César Rodrigues, Vieira Pereira e os Alferes médicos Resina Rodrigues e Freire Águalusa.

A experiência e os resultados obtidos a partir do C.I. 21 tornaram o processo de formação de Comandos num factor irreversível. Assim, em 09 de Junho de 1963 e por despacho de 15 de Maio do mesmo ano, é inaugurado o Centro de Instrução N.º 16 ocupando as instalações do Quartel de Quibala na Fazenda Senhora da Hora.

Na Quibala Norte, onde pela primeira vez a designação «COMANDOS» assume carácter oficial sendo o curso aqui ministrado, reconhecido como o primeiro Curso de Comandos que terminou em 10 de Outubro de 1963.

O C.I. 16 foi oficialmente desactivado a 04 de Dezembro de 1963, sucedendo-lhe o Centro de Instrução N.º 25.

Nota 169/3 de 06 de Maio de 1963 da 3.3 REP/EME

Os bons resultados obtidos desde o início pelos Grupos de Comandos, o facto de já existir um programa de instrução e metodologia bem definidos, e um Corpo de Instrução experimentado e das necessidades da própria guerra, apontavam para a criação de Unidades de Comandos independentes, que veio a acontecer com a promulgação do Decreto-Lei N.º 46410 de 29 de Junho de 1965, que cria o CIC em Belo Horizonte em Luanda.